Précisions sur le droit au report de congés en cas de maladie des agents publics

Le décret n° 2025-564 du 21 juin 2025 relatif aux régimes dérogatoires de report et d’indemnisation des droits à congé annuel dans la fonction publique est paru.

Il clarifie une situation jusque-là jurisprudentielle mais ajoute une précision nouvelle sur le cas des congés non pris du fait d’un congé lié aux responsabilités parentales ou familiales.

L’opportunité de mettre à jour le décret n° 85-1520

L’article 5 du décret n° 85-1250 du 26 novembre 1985 relatif aux congés annuels des fonctionnaires territoriaux pose une règle simple : l’absence de report des congés d’une année sur l’autre et l’absence d’indemnisation du congé non pris.

Cette généralité du propos s’est toutefois révélée contraire aux articles 7 de la directive 2003/88/CE du Parlement européen et du Conseil du 4 novembre 2003 concernant certains aspects de l’aménagement du temps de travail et 10.1 de la directive 2019/1158 du Parlement européen et du Conseil du 20 juin 2019 relative à l’équilibre entre vie professionnelle et vie privée des parents et des aidants et abrogeant la directive 2010/18/UE du Conseil.

La Cour de justice de l’Union européenne avait en effet déduit de cet article 7 qu’il empêche l’extinction du droit à congé annuel « à l’expiration de la période de référence et/ou d’une période de report fixée par le droit national même lorsque le travailleur a été en congé de maladie durant tout ou partie de la période de référence », ainsi qu’à l’absence de toute « indemnité financière de congé annuel payé non pris […] au travailleur qui a été en congé de maladie »[1].

Le Conseil d’Etat avait transposé cette jurisprudence pour annuler une circulaire reproduisant la règle des décrets en 2012[2] puis assoir une position de principe dans un avis du 26 avril 2017[3].

La jurisprudence était depuis appliquée par le juge administratif[4], y compris aux contractuels[5]. Il n’était toutefois pas intuitif pour les agents publics de ne pas trouver dans le texte écrit cet état du droit, surtout que le report ne s’effectuait pas sur la base du principe général des 5 semaines de congés payés, soit 25 jours mais seulement sur la quotité de congé imposée par le droit européen à savoir 4 semaines ou 20 jours de congés.

Le fait générateur de la Cour de cassation

Pour sa part, la Cour de cassation avait souligné le besoin de réformer le code du travail pour se mettre en conformité avec le droit de l’Union européenne[6]. Face au silence persistant du législateur, elle avait opté pour un revirement de jurisprudence remarqué, en écartant le code du travail au profit du droit européen pour reconnaître aux salariés :

• le droit à l’acquisition de congés payés durant leur absence pour maladie, accident du travail ou maladie professionnelle, indifféremment et ce, sans limite de durée liée à l’absence[7] ;
• et le droit au report des congés non pris du fait d’une maladie ou d’un congé parental[8] .

La Cour de cassation avait poussé la logique au point de ne faire partir la prescription du droit aux congés payés qu’à compter de l’information du salarié de la possibilité d’exercer effectivement son droit à congé. De la sorte, la Cour générait de nombreuses interrogations quant à l’impact financier qui « n’est pas sans conséquence pour les entreprises : cette nouvelle jurisprudence cré[ant] instantanément une dette exponentielle dans le temps envers les salariés concernés antérieurement à ces décisions »[9]. Le législateur ne pouvait plus ne pas se saisir du sujet.

La Cour de cassation aura dès lors réussi son premier objectif : le code du travail a été réformé par la loi n° 2024-364 du 22 avril 2024.

Désormais, le droit au report des congés est reconnu aux articles L. 3141-19-1 et suivants du code du travail. Toutefois, les enjeux financiers ont conduit le législateur à contredire la Cour de cassation pour limiter les modalités du droit au report des congés non pris pour cause de maladie ou d’accident.

D’une part, l’exercice de droit au report s’effectue sur une période limitée à 15 mois (comme l’avait choisi le Conseil d’Etat), à compter de la date à laquelle il reçoit l’information de son droit au report ou à compter de la fin de la période de référence en cas d’arrêt continu pour maladie ou accident y compris à caractère professionnel.

D’autre part, la quotité de jours reportables n’est pas la même que le nombre de congés payés acquis normalement : l’article L. 3141-5-1 du code du travail déroge à l’article L. 3141-3 du même code. De la sorte, le droit au report se calcule sur la base de 2 jours ouvrables par mois d’arrêt maladie dans la limite de 24 jours ouvrables par an en cas d’arrêt maladie sur toute la période de référence (au lieu de 2,5 jours ouvrables par mois de travail effectif dans la limite de 30 jours ouvrables par an). Autrement dit, les modalités retenues par le législateur diffèrent de celles choisies par le Conseil d’Etat qui limite à 20 jours le droit au report des congés en cas d’arrêt maladie. Les textes concernant les agents publics ne pouvaient plus rester en l’état.

Un décret qui ne « codifie » pas à droit constant

Le décret n° 2025-564 du 21 juin 2025 met à jour et harmonise la situation pour les 3 fonctions publiques. Désormais, il est explicitement prévu dans les textes le droit au report des congés payés non pris pour raison de santé ou du fait d’un congé lié aux responsabilités parentales ou familiales et l’indemnisation de ces congés non-pris avant la fin de la relation de travail le cas échéant (respectivement nouvel article 5-1 et nouvel article 5-2 du décret n° 85-1250).

Le décret ne formalise toutefois pas exactement la jurisprudence du Conseil d’Etat. En effet, il apporte quelques précisions intéressantes à relever.

D’abord, si la durée de la période de report est toujours bien de 15 mois, elle n’est plus absolue puisqu’elle peut être prolongée sur autorisation exceptionnelle de l’autorité territoriale

Ensuite, le décret ne reprend pas du tout la logique du droit social prenant en compte les obligations d’information de l’employeur pour faire partir le délai du report. Le nouvel article 5-1 prévoit en effet que « la période de report débute à compter de la date de reprise des fonctions » ou « pour les congés annuels acquis pendant un congé pour raison de santé ou un congé lié aux responsabilités parentales ou familiales, elle débute, au plus tard, à la fin de l’année au titre de laquelle le congé annuel est dû ». Autrement dit, il est présupposé que l’agent public peut compter sur la bonne foi informative de son employeur… en toute circonstance… On s’explique mal une telle différence de traitement entre secteur public et secteur privé, comme si les vertus managériales devaient nécessairement être différentes selon la nature publique ou privé de l’employeur…

Enfin, demeure une différence fondamentale entre secteur public et secteur privé. Le décret n° 2025-564 fixe la quotité de jours de congés reportables à 20 jours comme l’avait fait le Conseil d’Etat.

Pourtant, la Cour de cassation avait opté pour une position complètement différente en refusant de faire la « distinction entre les quatre semaines minimales garanties par l’article 7 de la directive 2003/88/CE et les droits issus de dispositions purement nationales, telles que la cinquième semaine légale de congés payés et les congés payés d’origine conventionnelle ». Elle a d’ailleurs été suivi par le législateur car, s’il différencie les droits à congés entre le salarié non- absent et le salarié absent pour raison de santé ou parentale, il accorde une quotité de 2 jours ouvrables par mois d’arrêt maladie dans la limite de 24 jours ouvrables par an, ce qui est très approchant des 25 jours.

En fait, la position du Conseil d’Etat trouvait sa logique au regard des limites de l’office du juge en cas d’absence de transposition du droit européen : « ce droit au report s’exerce, en l’absence de dispositions […] dans le droit national, dans la limite de quatre semaines prévue par cet article 7 »[10].

L’autorité réglementaire semble avoir entendu ce message pour transposer expressément la directive mais elle ne s’est pas saisie de cette opportunité pour adopter une position simple liée au principe des 5 semaines de congés payés en droit français, à une exception près toutefois.

La limitation du report aux 4 premières semaines de congé annuel par période de référence ne concerne pas l’agent qui bénéficie d’un report du fait d’un congé lié aux responsabilités parentales ou familiales. Autrement dit, le report en cas de congé parental par exemple se calcule sur la base de 5 semaines. Si cette précision est favorable aux familles, elle interpelle en ce qu’elle ne résulte nullement de l’historique des différents échanges jurisprudentiels en la matière[11].

Cette précision n’était pas intuitive mais elle va conduire les services RH des employeurs publics à faire œuvre de rigueur et de pédagogie pour le cas d’un agent qui pourrait cumuler sur la même année des congés maladie et un congé lié aux responsabilités parentales ou familiales… bien évidemment chacun sait que cela n’arrivera jamais… comme il est de notoriété publique qu’il est actuellement aisé de recruter dans la fonction publique…

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[1] CJCE devenue CJUE, 20 janv. 2009, aff. C-350/06 et C-520/06, Rec., I, p. 179.

[2] CE, 26 oct. 2012, n° 346648 ; avis, 26 avr. 2017, n° 40600, JORF 28 avril 2017, n° 148.

[3] Resp. CE, 26 oct. 2012, n° 346648. ; CE, avis, 26 avr. 2017, n° 406009, JORF 28 avril 2017, n° 148.  .

[4] Voir par ex. CAA Paris, 20 avril 2021, n° 19PA03909, inédit.

[5] CE, 13 déc. 2023, n° 449752, inédit, § 4.

[6] Notice de la Cour de cassation sur ces revirements de jurisprudence, note de bas de page n° 1 : Rapport annuel de la Cour de cassation, 2013, p. 64 et s. ; Rapport annuel de la Cour de cassation, 2014, p. 43 et s. ; Rapport annuel de la Cour de cassation, 2015, p. 33 et s., et, après les arrêts rendus par la Cour de justice de l’Union européenne le 6 novembre 2018 quant à l’effet direct de l’article 31, § 2, de la Charte des droits fondamentaux de l’Union européenne (voir ci-après), Rapport annuel de la Cour de cassation, 2018, p. 98 et s. 

[7] Cass. soc., 13 sept. 2023, n° 22-17.340, n° 22-17.341 et n° 22-17.342 (1er arrêt), n° 22-17.638 (2ème arrêt),

• [8] Cass. soc., 13 sept. 2023, n° 22-14.043 (4ème arrêt).

[9] C. Martin, « Le nouveau droit des congés payés réécrit par la Cour de cassation », op.cit.

[10] CE, avis, 26 avr. 2017, n° 406009.  Avis confirmé par CE, 22 juin 2022, n° 443053 : JCP A 2022, act. 441, obs. C. Friedrich ; JCP A 2022, 2331, chron. S. Deliancourt et A. Virot-Landais. Pour une position conforme des juges du fonds : CAA Versailles, 30 sept. 2021, n° 18VE01462, inédit ; TA Amiens, 5 oct. 2023, n° 2102498, inédit, § 9 ; CAA Versailles, 13 oct. 2023, n° 21VE00296, inédit, § 28 ; TA Mayotte, 24 oct. 2023, n° 2103248, inédit, § 8.

[11] Nous avions particulièrement étudié le sujet dans notre étude : « Congés payés, arrêts maladie et report : relecture de la position du Conseil d’Etat au regard du revirement de jurisprudence de la Cour de cassation du 13 septembre 2023 », JCP Social, 2024, n°11, étude 1084.